Et nytt programmeringsbibliotek utviklet ved Universitetet i Oslo kan gjøre livet lettere for biologer og andre som skal analysere gendata.
Et nytt programmeringsbibliotek utviklet ved Universitetet i Oslo kan gjøre livet lettere for biologer og andre som skal analysere gendata.Seksjonen Fra forskning består av saker som er skrevet av ansatte i Sintef, NTNU, Universitetet i Oslo, Oslo Met, Universitetet i Agder, UiT Norges arktiske universitet, Universitetet i Sørøst-Norge og NMBU.
– Datamaskiner er gode med tall, mens DNA egentlig er bokstaver. Dessuten er ikke alle sekvensene like lange, og da blir det en del knot, sier kollega Ivar Grytten. Der inne gjøres bokstavene A, C, T og G, byggeklossene i DNA-et, om til tall uten at biologen trenger å tenke mer på det. Det ligger der allerede, skjult i de ferdige pakkene. Det som synes for brukeren, er A, C, T og G.
– Ideen kom fordi vi jobbet en del på prosjekter hvor vi endte med å skrive veldig mye av den samme koden om igjen og om igjen. Selv om vi har kodet i mange år, gjorde vi ofte feil, sier Grytten.Bionumpy har allerede vært i bruk og testet i praksis. For eksempel i utviklingen av diagnoseverktøyet ImmuneML som skal gjøre det mulig å sjekke for mange forskjellige sykdommer i bare én enkelt blodprøve.
– Alt som er kvantitativ analyse av DNA eller proteiner, bør passe veldig godt inn i Bionumpy. Det er veldig hensiktsmessig og arbeidsbesparende selv for de som er godt trent i koding, sier han.De tre informatikerne håper nå at biologer vil ta Bionumpy i bruk. Alternativet er å skrive all koden selv eller å bruke ferdige løsninger der det meste er definert på forhånd.
Norge Siste Nytt, Norge Overskrifter
Similar News:Du kan også lese nyheter som ligner på denne som vi har samlet inn fra andre nyhetskilder.
Nå: 200 skuespillere aksjonerer for Oslo Nye TeaterBudsjettkuttene til Oslo Nye Teater førte til storaksjon foran Oslo Rådhus i ettermiddag.
Les mer »
Universitetet i Bergen vil boikotte eksamensavgiftUniversitetet i Bergen (UiB) kommer ikke til å innføre en eksamensavgift, dersom regjeringens forslag blir vedtatt. Flere universiteter vurderer også boikott. Studenter som tar opp allerede beståtte eksamener, må betale en eksamensavgift dersom regjeringens forslag i statsbudsjettet blir virkelighet. Avgiften er foreslått å innføres fra 1.
Les mer »
Legen vil ta doktorgrad på fryktet kreftsykdom – universitetet sier neiLege Theo Winter ønsker å fullføre doktorgraden sin, for å kunne forske på den alvorlige sykdommen hjernekreft, men Universitetet i Oslo sier nei.
Les mer »
UV-stråling trolig årsak til at mange måtte oppsøke helsehjelp i AarhusUniversitetet i danske Aarhus ble evakuert etter at 23 personer meldte om ubehag.
Les mer »
UV-stråling trolig årsak til at mange måtte oppsøke helsehjelp i AarhusUniversitetet i danske Aarhus ble evakuert etter at 23 personer meldte om ubehag.
Les mer »
UV-stråling trolig årsak til at mange måtte oppsøke helsehjelp i AarhusUniversitetet i danske Aarhus ble evakuert etter at 23 personer meldte om ubehag.
Les mer »